Die Anbindung an Bexio erlaubt InvoiceR einen direkten Zugriff auf Daten wie Kostenstellen, Konten, Projekte und weitere Informationen. Das Kontieren der Rechnungen wird dadurch im InvoiceR erheblich vereinfacht und Folgefehler werden vermieden. Die Integration ermöglicht ausserdem eine automatische Verbuchung der Rechnungen in Bexio und das anschliessende Starten des Zahlungslaufs.

Neben dem Buchhaltungs-System kann auch ein Archiv-System wie z.B. d.3ecm an InvoiceR angebunden werden. Nach der Erfassung durch InvoiceR wird das Dokument direkt in d.3ecm archiviert. Beim Öffnen eines Belegs im InvoiceR wird nun automatisch das entsprechende Dokument aus dem Archiv bezogen und dem Benutzer präsentiert.