Stammdaten wie Kostenstellen, Konten, Projekte und weitere Informationen, welche z.B. für die Kontierung benötigt werden, können von InvoiceR direkt aus Bexio geladen werden. Ebenfalls ermöglicht die Integration eine automatische Verbuchung der Rechnungen in Bexio und das Starten des Zahlungslaufs.

Neben dem Buchhaltungs-System kann auch ein Dokumenten-Management-System wie z.B. docuvita an InvoiceR angebunden werden. Nach der Erfassung durch InvoiceR wird das PDF direkt in docuvita abgelegt. Beim Öffnen eines Belegs im InvoiceR wird nun automatisch das entsprechende Dokument aus dem Archiv bezogen und dem Benutzer angezeigt.