Stammdaten wie Kostenstellen, Konten, Projekte und weitere Informationen, welche z.B. für die Kontierung benötigt werden, können von InvoiceR direkt aus Bexio bezogen werden. Ebenfalls ermöglicht die Integration eine automatische Verbuchung der Rechnungen in Bexio und das Starten des Zahlungslaufs.

Neben dem ECM-System kann auch ein Dokumenten-Management-System wie z.B. SharePoint an InvoiceR angebunden werden. Nach der Erfassung durch InvoiceR wird das Dokument direkt in SharePoint abgelegt. Im weiteren Workflow-Verlauf wird das Dokument beim Öffnen im InvoiceR jeweils automatisch aus dem Archiv bezogen und dem Benutzer angezeigt.