Neben der Archiv-Schnittstelle kann invoiceR auch direkt an Ihr Buchhaltungs-System (wie z.B. Bexio) angebunden werden. Daten wie Kostenstellen, Konten, Projekte und weitere Informationen, welche z.B. für die Kontierung benötigt werden, können von InvoiceR dann direkt aus Bexio bezogen werden. Ebenfalls ermöglicht die Integration eine automatische Verbuchung der Rechnungen in Bexio und das Starten des Zahlungslaufs.