InvoiceR kann auch sehr gut in Ihr Buchhaltungs-System (wie z.B. Dynamics 365) integriert werden. Daten wie Kostenstellen, Konten, Projekte und weitere Informationen, welche z.B. für die Kontierung benötigt werden, können von InvoiceR dann direkt aus Dynamics 365 geladen werden. Ausserdem erfolgt die eigentliche Zahlungsfreigabe am Ende des Workflows automatisch in das ECM-System.