InvoiceR kann auch sehr gut in Ihr ECM-System (wie z.B. Abacus) integriert werden. Daten wie Kostenstellen, Konten, Projekte und weitere Informationen, welche z.B. für die Kontierung benötigt werden, können von InvoiceR dann direkt aus Abacus geladen werden. Ebenfalls ermöglicht die Integration eine automatische Verbuchung der Rechnungen in Abacus und das Starten des Zahlungslaufs.