InvoiceR kann auch sehr gut in Ihr ECM-System (wie z.B. Bexio) integriert werden. Daten wie Kostenstellen, Konten, Projekte und weitere Informationen, welche z.B. für die Kontierung benötigt werden, können von InvoiceR dann direkt aus Bexio geladen werden. Die Integration ermöglicht ausserdem eine automatische Verbuchung der Rechnungen in Bexio und das anschliessende Starten des Zahlungslaufs.