InvoiceR kann auch sehr gut in Ihr ECM-System (wie z.B. Dynamics nav) integriert werden. Diese Anbindung erlaubt InvoiceR einen direkten Zugriff auf Ihre Daten wie Kostenstellen, Konten, Projekte und weitere Informationen. Das Kontieren der Rechnungen wird dadurch im InvoiceR erheblich vereinfacht und es können Folgefehler vermieden werden. Die Integration ermöglicht ausserdem eine automatische Verbuchung der Rechnungen in Dynamics nav und das anschliessende Starten des Zahlungslaufs.