Neben der Archiv-Schnittstelle kann invoiceR auch direkt an Ihr ECM-System (wie z.B. Proffix) angebunden werden. Stammdaten wie Kostenstellen, Konten, Projekte und weitere Informationen, welche z.B. für die Kontierung benötigt werden, können von InvoiceR dann direkt aus Proffix geladen werden. Die Integration ermöglicht ausserdem eine automatische Verbuchung der Rechnungen in Proffix und das anschliessende Starten des Zahlungslaufs.