Die Anbindung an Dynamics nav erlaubt InvoiceR einen direkten Zugriff auf Stammdaten wie Kostenstellen, Konten, Projekte und weitere Informationen. Das Kontieren der Rechnungen wird dadurch im InvoiceR erheblich vereinfacht und Folgefehler werden vermieden. Die Integration ermöglicht ausserdem eine automatische Verbuchung der Rechnungen in Dynamics nav und das anschliessende Starten des Zahlungslaufs.

Neben dem Buchhaltungs-System kann auch ein Dokumenten-Management-System wie z.B. InfoShare an InvoiceR angebunden werden. Dadurch werden Dokumente nach der Erfassung durch InvoiceR direkt in InfoShare archiviert. Beim Öffnen eines Belegs im InvoiceR wird nun automatisch das entsprechende Dokument aus dem Archiv geladen und dem Benutzer angezeigt.