Daten wie Kostenstellen, Konten, Projekte und weitere Informationen, welche z.B. für die Kontierung benötigt werden, können von InvoiceR direkt aus Dynamics 365 bezogen werden. Die Integration ermöglicht ausserdem eine automatische Verbuchung der Rechnungen in Dynamics 365 und das anschliessende Starten des Zahlungslaufs.

Neben dem Buchhaltungs-System kann auch ein Archiv-System wie z.B. DocuWare an InvoiceR angebunden werden. Dadurch werden Dokumente nach der Erfassung durch InvoiceR direkt in DocuWare abgelegt. Im weiteren Workflow-Verlauf wird das Dokument beim Öffnen im InvoiceR jeweils automatisch aus dem Archiv bezogen und dem Benutzer angezeigt.