Die Anbindung an Proffix erlaubt InvoiceR einen direkten Zugriff auf Daten wie Kostenstellen, Konten, Projekte und weitere Informationen. Das Kontieren der Rechnungen wird dadurch im InvoiceR erheblich vereinfacht und Folgefehler werden vermieden. Die Integration ermöglicht ausserdem eine automatische Verbuchung der Rechnungen in Proffix und das anschliessende Starten des Zahlungslaufs.

Neben dem Buchhaltungs-System kann auch ein Archiv-System wie z.B. InfoShare an InvoiceR angebunden werden. Dadurch werden Rechnungen nach dem Scanning durch InvoiceR direkt in InfoShare abgelegt. Beim Öffnen eines Belegs im InvoiceR wird nun automatisch das entsprechende Dokument aus dem Archiv bezogen und dem Benutzer angezeigt.