InvoiceR kann auch sehr gut in Ihr ECM-System (wie z.B. Abacus) integriert werden. Diese Anbindung erlaubt InvoiceR einen direkten Zugriff auf Ihre Stammdaten wie Kostenstellen, Konten, Projekte und weitere Informationen. Das Kontieren der Rechnungen wird dadurch im InvoiceR erheblich vereinfacht und es können Folgefehler vermieden werden. Ebenfalls ermöglicht die Integration eine automatische Verbuchung der Rechnungen in Abacus und das Starten des Zahlungslaufs.