Ihr ECM-System (wie z.B. Dynamics nav) kann ebenfalls direkt an InvoiceR angebunden werden. Stammdaten wie Kostenstellen, Konten, Projekte und weitere Informationen, welche z.B. für die Kontierung benötigt werden, können von InvoiceR dann direkt aus Dynamics nav geladen werden. Die Integration ermöglicht ausserdem eine automatische Verbuchung der Rechnungen in Dynamics nav und das anschliessende Starten des Zahlungslaufs.