InvoiceR kann auch sehr gut in Ihr Buchhaltungs-System (wie z.B. Nexus) integriert werden. Stammdaten wie Kostenstellen, Konten, Projekte und weitere Informationen, welche z.B. für die Kontierung benötigt werden, können von InvoiceR dann direkt aus Nexus bezogen werden. Die Integration ermöglicht ausserdem eine automatische Verbuchung der Rechnungen in Nexus und das anschliessende Starten des Zahlungslaufs.