Daten wie Kostenstellen, Konten, Projekte und weitere Informationen, welche z.B. für die Kontierung benötigt werden, können von InvoiceR direkt aus Lobos bezogen werden. Die Integration ermöglicht ausserdem eine automatische Verbuchung der Rechnungen in Lobos und das anschliessende Starten des Zahlungslaufs.

Neben dem Buchhaltungs-System kann auch ein Archiv-System wie z.B. DocuWare an InvoiceR angebunden werden. Nach der Erfassung durch InvoiceR wird das PDF direkt in DocuWare abgelegt. Beim Öffnen eines Belegs im InvoiceR wird nun automatisch das entsprechende Dokument aus dem Archiv bezogen und dem Benutzer angezeigt.