Die Anbindung an Nexus erlaubt InvoiceR einen direkten Zugriff auf Daten wie Kostenstellen, Konten, Projekte und weitere Informationen. Das Kontieren der Rechnungen wird dadurch im InvoiceR erheblich vereinfacht und Folgefehler werden vermieden. Die Integration ermöglicht ausserdem eine automatische Verbuchung der Rechnungen in Nexus und das anschliessende Starten des Zahlungslaufs.

Neben dem Buchhaltungs-System kann auch ein Dokumenten-Management-System wie z.B. SharePoint an InvoiceR angebunden werden. Nach dem Scanning durch InvoiceR wird das Dokument direkt in SharePoint archiviert. Im weiteren Workflow-Verlauf wird das Dokument beim Öffnen im InvoiceR jeweils automatisch aus dem Archiv geladen und dem Benutzer präsentiert.