Daten wie Kostenstellen, Konten, Projekte und weitere Informationen, welche z.B. für die Kontierung benötigt werden, können von InvoiceR direkt aus Proffix geladen werden. Die Integration ermöglicht ausserdem eine automatische Verbuchung der Rechnungen in Proffix und das anschliessende Starten des Zahlungslaufs.

Neben dem ECM-System kann auch ein Dokumenten-Management-System wie z.B. DocuWare an InvoiceR angebunden werden. Dadurch werden Dokumente nach dem Scanning durch InvoiceR direkt in DocuWare abgelegt. Im weiteren Workflow-Verlauf wird das Dokument beim Öffnen im InvoiceR jeweils automatisch aus dem Archiv bezogen und dem Benutzer präsentiert.