Die Anbindung an SAP erlaubt InvoiceR einen direkten Zugriff auf Daten wie Kostenstellen, Konten, Projekte und weitere Informationen. Das Kontieren der Rechnungen wird dadurch im InvoiceR erheblich vereinfacht und Folgefehler werden vermieden. Ebenfalls ermöglicht die Integration eine automatische Verbuchung der Rechnungen in SAP und das Starten des Zahlungslaufs.

Neben dem Buchhaltungs-System kann auch ein Archiv-System wie z.B. DocuWare an InvoiceR angebunden werden. Dadurch werden Dokumente nach der Erfassung durch InvoiceR direkt in DocuWare archiviert. Im weiteren Workflow-Verlauf wird das Dokument beim Öffnen im InvoiceR jeweils automatisch aus dem Archiv geladen und dem Benutzer angezeigt.