Neben der Dokumenten-Schnittstelle kann invoiceR auch direkt an Ihr Buchhaltungs-System (wie z.B. Dynamics 365) angebunden werden. Diese Anbindung erlaubt InvoiceR einen direkten Zugriff auf Ihre Stammdaten wie Kostenstellen, Konten, Projekte und weitere Informationen. Das Kontieren der Rechnungen wird dadurch im InvoiceR erheblich vereinfacht und es können Folgefehler vermieden werden. Ebenfalls ermöglicht die Integration eine automatische Verbuchung der Rechnungen in Dynamics 365 und das Starten des Zahlungslaufs.