Ihr ECM-System (wie z.B. Dynamics nav) kann ebenfalls direkt an InvoiceR angebunden werden. Daten wie Kostenstellen, Konten, Projekte und weitere Informationen, welche z.B. für die Kontierung benötigt werden, können von InvoiceR dann direkt aus Dynamics nav bezogen werden. Ebenfalls ermöglicht die Integration eine automatische Verbuchung der Rechnungen in Dynamics nav und das Starten des Zahlungslaufs.