Neben der Dokumenten-Schnittstelle wird invoiceR auch direkt an Ihr ECM-System (wie z.B. Proffix) angebunden. Diese Anbindung erlaubt InvoiceR einen direkten Zugriff auf Ihre Stammdaten wie Kostenstellen, Konten, Projekte und weitere Informationen. Das Kontieren der Rechnungen wird dadurch im InvoiceR erheblich vereinfacht und es können Folgefehler vermieden werden. Die Integration ermöglicht ausserdem eine automatische Verbuchung der Rechnungen in Proffix und das anschliessende Starten des Zahlungslaufs.